Vanaf de start werd het longcentrum in het St. Antonius Ziekenhuis te Utrecht met doortastendheid en doelgerichtheid uitgebouwd tot één van de modernste in Europa. Ruim zestig assistenten werden tot longarts opgeleid in de periode dat Swierenga aan het centrum verbonden was. Hij promoveerde op een proefschrift getiteld: Intrapulmonale bronchuscysten. Daarnaast liet hij een honderdtal publicaties op zijn vakgebied het licht zien.
De thoracoscopie werd als belangrijk diagnostisch hulpmiddel op zijn initiatief in ere hersteld. Op het gebied van de bronchologie werd in het St. Antonius Ziekenhuis baanbrekend werk verricht. De chirurgische behandeling van longziekten, van afwijkingen van luchtwegen, pleura en mediastinum kreeg grote aandacht. Steeds nieuwe diagnostische en therapeutische mogelijkheden werden onderzocht en toegepast.
De benoeming van Jaap Swierenga in 1962 tot buitengewoon hoogleraar in de longziekten aan de Leidse Universiteit kan worden gezien als erkenning van zijn grote verdiensten. Typerend voor zijn karakter was de titel van zijn inaugurale rede: “Teamwork”. Veertien jaar lang combineerde Prof. Dr. Swierenga zijn werk in het longcentrum te Utrecht met het uitbouwen en moderniseren van de afdeling longziekten van het Academisch Ziekenhuis in Leiden. Toen hij voor de keus gesteld werd tussen het aanvaarden van een volledig hoogleraarschap in Leiden en zijn werk als leider van het longteam in het St. Antonius Ziekenhuis aarzelde hij niet. Hij bleef “zijn” longteam in Utrecht trouw tot aan zijn plotselinge overlijden in december 1977. Voor zijn werk werd hem in 1969 de Koninklijke onderscheiding Officier Oranje Nassau uitgereikt.