Prof. Van der Molen heeft zich bijzonder verdienstelijk gemaakt op het gebied van de wetenschap van longziekten. Hij heeft veel onderzoek verricht naar de wijze waarop het beloop van astma en COPD het beste kan worden vastgelegd. Onder andere heeft dit geleid tot de ontwikkeling van een gestandaardiseerde vragenlijst (Clinical COPD Questionnaire, CCQ), welke is vertaald in vele talen en grote delen van de wereld wordt gebruikt. Ook heeft hij bijgedragen aan de ontwikkeling van internationale richtlijnen op het gebied van obstructieve longaandoeningen, heeft > 170 peer-reviewed artikelen geschreven (velen in samenwerking met vooraanstaande onderzoekers uit binnen- en buitenland) en ruim 15 promovendi begeleid.
